Il y a de cela 12 000 ans eu lieu une guerre contre les Anges Déchus, les humains font désormais face à d'autres ennemis, les Abductor.
Afin de se protéger de ceux-ci, Neo-DEAVA entraîne les Element qui piloteront les Aquaria, les seules machines capables de les repousser.
Au moment où il pense avoir rencontré son âme sœur, Mikono, le jeune Amata se retrouve en plein milieu d'une attaque d'Abductor.

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